Добавление новой организации.

1С 8.2 Бухгалтерия ред. 2.0 

Как создать новую организацию в учете? Если у вас только 1С Бухгалтерия, и заработную плату ведете в ней же, то очень просто. Справочник организации, добавить и т.д... Но если Вы ведете заработную плату в отдельной программе (1С Зарплата управление персоналом), то потребуется проделать это в обеих программах. После чего, после первого же начисления заработной платы и выгрузки проводок в бухгалтерию, Вы почти гарантированно получите в бухгалтерии 2-й дубль в справочнике организации. Даже если тщательно сопоставляли все коды, префиксы и т.п. Поэтому не спешите заводить новую организацию сразу в двух местах. Создайте ее сначала в бухгалтерии и с помощью выгрузки данных в конфигурацию "Зарплата и управление персоналом ред 2.5 , указав галочку только на "Сведения об организации" перекиньте организацию в зарплату. Такая организация гарантированно не задвоится при последующих переносах. Если у вас УЖЕ заведена организация в зарплате, то  можно дождаться расчета зарплаты, и первая же выгрузка проводок в бухгалтерскую программу, автоматически перенесет вновь созданную организацию в бухгалтерию. Можно не дожидаясь расчета, создать в зарплате фиктивный документ "Отражение зарплаты в регламентированном учет", заполнить в нем шапку и вписать одну проводку. Что то типа Дт20 Кт70 1руб. Перенос этого документа , также перенесет организацию из зарплаты  в бухгалтерию. Впоследствии этот документ можно использовать по назначению. 
При ведении справочника "Подразделения организации", в двух программах, возникает похожая ситуация. Обычно бухгалтер ведет и использует в бухгалтерии "свои подразделения" в качестве субконто на некоторых счетах. Кадровик в зарплате - свои. Причем кадровые подразделения ежемесячно при выгрузке накладываются на бухгалтерские, и могут породить хаос при закрытии месяца. Поэтому лучше всего новые подразделения первоначально заводить в одном месте - Зарплате управлении персоналом. первая же  выгрузка проводок в бухгалтерскую программу, перенесет их в бухгалтерию.
Чтобы удалить организацию, недостаточно поставить на ней крест. Надо еще Удалить документы по этой организации